L’épisode débute sur un Flash Back, où Michael en pleine séance de tatouage, se fait graver : English, Fitz et Percy.

Le Directeur de la prison de Fox River, Pope, reçoit les agents Kellerman et Hale dans son bureau. Les deux agents s’interrogent sur la raison qui pousse Pope à rejeter la demande de transfert de Michael, précisant qu’il s’agit simplement d’un petit geste de courtoisie. Pope insiste sur sa responsabilité engagée vis à vis des détenus dès leur incarcération au pénitencier. L’agent Kellerman lui remet un dossier où il est inscrit « Toledo » sur la couverture. Sur la défensive, Pope précise que sa femme est déjà au courant de cette histoire, mais s’effondre lorsqu’à l’ouverture du dossier, il découvre la photographie d’un jeune homme mort allongé sur le bitume.

Lors de travaux pénitenciers, Michael prétextant un manque de PVC ; Lincoln cassant sa pelle ; et Abruzzi sollicitant Fernando afin de nettoyer un sac d’engrais, se retrouvent dans la remise. Michael annonce qu’ils représentent l’équipe prévue pour l’évasion. Abruzzi s’insurge, il refuse de collaborer avec Lincoln, car ce n’était pas prévu au programme. Lincoln en profite pour l’empoigner et le menacer de représailles s’il touche encore à son frère. Abruzzi est stupéfait en apprenant leur lien de parenté. Michael intervient, et rappelle l’objectif principal de cette réunion, il ne s’agit pas de régler ses comptes, mais plutôt de prendre une décision, à propos de la route à emprunter lors de l’évasion : English, Fitz ou Percy ? Pour cela, Michael sollicite leur aide pour lui permettre de régler certains détails. Fernando inquiet, était persuadé que celui-ci avait tout prévu, Michael lui répond que tout n’était pas prévisible de l’extérieur.

Pope attend Michael dans sa cellule, et a le sentiment que celui-ci lui cache quelque chose, à propos de son incarcération à Fox River. Il suppose l’existence d’une autre raison, que le braquage à main armée. Michael silencieux, scrute avec attention une fuite d’eau s’échapper des sanitaires, et apprend avec effroi qu’il va être transféré à la prison de Statesville. Il refuse, et demande au Directeur de lui accorder un délai de trois semaines supplémentaires. Il lui avoue être le frère de Lincoln Burrows, et que son avocat avait déposé une requête devant la cour afin qu’il puisse purger sa peine à ses côtés. Malgré ses explications, Pope lui explique que le transfert dépend de personnes haut placées, mais lui promet une dernière visite. Il lui annonce que son départ est programmé pour le lendemain.

Pope dans son bureau, observe le dossier de Toledo, en particulier une revue de presse intitulée : « Un jeune retrouvé mort ».

Lincoln dans la chapelle serre au creux de ses mains, la Bible. Michael s’assied derrière lui, et lui confie qu’il compte explorer les galeries et accéder au toit. Mais Lincoln l’interrompt et lui parle de son transfert. Michael lui demande de ne pas s’inquiéter. Lincoln lui explique qu’il était en paix avec lui même, et que son arrivée à Fox River lui avait donné, ce qu’un homme dans sa situation ne pouvait avoir, de l’espoir.
Flash Back où l’on voit Michael et Lincoln enfants, manifestement aux funérailles de leur mère. Michael demande à Lincoln de la  faire revenir. Lincoln lui répond que c’est impossible, il le rassure en lui promettant qu’ils vont se débrouiller, rester ensemble quoi qu’il arrive, et que plus rien ne sera comme avant désormais. Mais Michael s’inquiète, et l’interroge sur ce qu’il adviendra s’il lui arrive quelque chose. Lincoln lui demande alors de « garder un peu confiance ».
Retour à l’instant présent, Michael pose sa main sur l’épaule de son frère, et lui demande de « garder un peu confiance ».

Veronica et Nick visionnent la cassette de vidéo surveillance, Nick regarde attentivement, et scrute les moindres détails. Il décèle certaines anomalies, telles que, Steadman en se garant prend bien la peine de montrer son visage à la caméra ; Le temps passé dans sa voiture, comme s’il attendait quelqu’un ; Le fait que Lincoln demeure parfaitement immobile lorsqu’il presse la détente de son 9mm ; et qui prend le temps de fracturer la boîte à gant. Veronica précise que selon le FBI, la scène du crime à été maquillée en meurtre crapuleux. Nick remarque également, la direction anormale de Lincoln contournant le véhicule par l’avant. Il sort du champ de vision de la caméra mais réapparaît un instant après, de l’autre côté de la voiture, en prenant soin de ne pas montrer son visage, ce qui suppose une mise en scène pour justifier la présence du sang de la victime sur son pantalon. Mais ce n’est qu’une hypothèse, Nick souhaite soumettre l’enregistrement à une de ses connaissances, un spécialiste qui aurait les moyens de vérifier ces incohérences.

Abruzzi a de plus en plus de mal à croire Michael. Celui-ci le rassure sur son départ qu’il compte bien déjouer. Il lui confie une mission, qui consiste à se procurer un double de la clef du bureau du Directeur. Il s’assied auprès de Westmorland et le questionne sur les moyens existants pour bloquer un transfert le plus rapidement possible. Westmorland lui propose de déposer une requête d’injonction interlocutoire, dans laquelle on peut évoquer tout ce qui viole les droits constitutionnels d’un détenu, tels que les problèmes d’environnement, les allergies, les exigences religieuses… Les magistrats étant dans l’obligation d’examiner la demande, le transfert est ajourné. Il explique que cette méthode fonctionne, car en l’utilisant il a réussi à bloquer son transfert de 10 ans, pour ne pas abandonner un être cher, son chat, point commun avec Michael, qui lui ne peut pas laisser son frère.

L’infirmière apprend à Sara que Lincoln et Michael sont frères, et elle se désole de la situation dans laquelle se trouve les deux hommes.

Bellick remet à Pope la lettre de Michael où il bloque son transfert.

Dans sa cellule, Michael explique à Fernando, que même dans l’éventualité où sa requête soit rejetée, la procédure leur fera bénéficier de 30 jours de répit. Michael souhaite se rendre de l’autre côté du mur pour inspecter. Fernando étend de la lessive pour le camoufler.

Abruzzi donne les consignes à l’un de ses hommes de main d’attaquer un garde. Il s’exécute, et subtilise au gardien son trousseau de clefs, durant l’agitation, il en profite pour réaliser l’empreinte de l’une d’elles dans de la pâte à modeler, qu’Abruzzi récupère discrètement.

Michael est dans les galeries. Il explore les lieux en suivant les plans de son tatouage, tout en vérifiant le timing sur sa montre, et trouve ce qu’il était venu chercher, la trappe donnant accès au toit. Fernando s’inquiète de sa longue absence. En regagnant la brèche, Michael rencontre un homme d’entretien. Il se réfugie rapidement en équilibre au plafond, perlant de sueur, juste au dessus de l’homme, qui immobile, s’octroie une pause cigarette. Heureusement il ne s’apercevra pas de la présence de Michael. A son retour il annonce la bonne nouvelle à Fernando. Il a accès au toit, et que tout est une question de timing.
Le co-détenu d’Abruzzi, fait fondre un peigne en plastique pour remplir le moule représentant la clef du bureau du Directeur. Des barreaux de sa cellule, Abruzzi manifeste un signe de tête approbateur à l’attention de Michael.

Veronica et Nick présentent l’enregistrement au spécialiste. Celui-ci précise que les images sont totalement incrustées, qu’il s’agit d’un travail de professionnel, d’une efficacité déconcertante. Durant les multiples visionnages de la cassette, l’homme se ravit de trouver la faille, en effet, selon lui, si les yeux peuvent jouer des tours, les oreilles elles, ne peuvent mentir. Il vérifie la piste audio, il n’y a pas de résonance, pas d’écho, pas de réverbération. Il assure que le son du tir n’a pas été enregistré dans le parking. Il ne peut pas témoigner devant la justice car la cassette n’est pas l’original.

Dans son bureau, Pope demande à Michael comment vont ses sinusites chroniques. Il le félicite d’être un nouveau détenu et de manœuvrer comme un ancien. Michael lui fait part de l’avantage que Pope détient sur lui, car ce dernier connaît la raison qui le pousse à tout faire pour rester, alors que lui ignore pourquoi Pope souhaite le transférer. Pope s’aperçoit qu’il est 17h, et prie Michael de retourner dans sa cellule. Michael ne peut s’exécuter car l’édifice du Taj Mahal menacerait de s’effondrer s’il lâchait le support. Manipulé par des phrases complexes d’ingénieur, Pope l’autorise à rester dans le bureau, le temps que la colle sèche, et le remercie d’être venu malgré la demande de transfert. Pope dépêche un gardien devant la porte du bureau. Alors que le garde charme la secrétaire, Michael observe l’horloge, attendant patiemment l’arrivée d’Abruzzi.

A son retour chez lui, Pope à la désagréable surprise de trouver sa femme Judith en compagnie des agents Kellerman et Hale.

Abruzzi enclenche le double de la clef, et déverrouille la porte de derrière. Michael sort discrètement, et rejoint la file des prisonniers regagnant leur cellule.

Pope explique aux deux agents qu’il ne peut rien faire contre une requête d’injonction interlocutoire, et que la procédure durera 1 ou 2 mois. Pour faire pression, Kellerman dit s’être penché plus attentivement sur les photos d’archives de ce jeune de Toledo, Will Clayton, retrouvé mort, et souligne la ressemblance avec son père. Il rajoute que bien que sa femme ait fermé les yeux sur cette liaison extraconjugale, apprendre l’existence d’un enfant illégitime, serait mal venue. Les agents réclament la disparition de la requête en échange de leur silence. Ils prennent congé, sous le regard inquiet de la femme du Directeur. Pope détruit la requête de Michael.

Sara vient faire le bilan de santé de Lincoln, elle s’excuse de toute l’ironie que comporte cet examen, et précise qu’elle n’a pas fait médecine afin de déterminer si un condamné à mort est en bonne santé pour son exécution. Elle se renseigne sur ses antécédents familiaux, et mentionne le nom de Michael. Sara lui avoue être au courant de leur lien de parenté. Elle lui demande s’ils sont proches. Lincoln répond qu’ils l’étaient, avant. Après un long silence, il confie à Sara, le fait que tout le monde l’ait abandonné, leur père, leur mère, et lui. Sara pense que la mort de Lincoln serait comme si on l’abandonnait une fois de plus.

Pope regarde attentivement la photographie d’un jeune garçon. Au verso est inscrit : Will, 10 ans.

Michael regagne sa cellule, et enclenche le chronomètre de sa montre, à la fermeture des portes. Il doit retourner dans les galeries, mais Fernando s’inquiète car l’appel est dans 15 minutes.

Pope est à l’église. Le curé s’étonne de le voir à une heure aussi tardive, et s’interroge sur les raisons de sa présence, attend-il un pardon, un conseil ? Pope se sent responsable de la mort de son fils, car il est sorti de sa vie, son fils était un délinquant, un drogué, mort à 18 ans. Le curé lui rappelle qu’il s’agissait d’une mort accidentelle, que la mère ne souhaitait pas qu’il fasse partie de leur vie, lui interdisant de voir l’enfant, tant qu’il n’aurait pas quitté sa femme, ce qu’il avait refusé. Pope a enterré son secret, mais pas son fils, il culpabilise d’avoir sacrifié la vie d’un autre uniquement pour rendre la sienne plus aisée.

Veronica et Nick parlementent avec une femme pour obtenir l’original de la cassette de vidéo surveillance. Mais celle-ci refuse de sortir une pièce à conviction de son service. Veronica propose un compromis, une personne visionne l’enregistrement sous sa surveillance. La femme demande le numéro de la preuve convoitée, 296SPE, elle apprend à Veronica et Nick que la salle où se trouvait cet élément à été entièrement ravagée par une inondation causée par l’explosion d’un conduit la veille.

Bellick fait l’appel des prisonniers. Fernando est très inquiet, car Michael n’est toujours pas revenu de son expédition.
Michael accède au toit, l’alarme de sa montre sonne à 18h00.
Bellick remarque l’absence de Michael, et donne immédiatement l’alerte. Branle bas de combat de part et d’autre de la prison. Le gardien qui surveille l’entrée principale du bureau du Directeur, contacte Bellick par talkie-walkie pour l’informer que Michael est sous sa garde, mais en ouvrant la porte, il ne peut que constater la disparition de celui-ci.
Michael posté sur le toit, observe les allées et venues des gardes dans l’enceinte de la prison, mais surtout l’arrivée des policiers par les trois artères qui desservent Fox River. Ceux-ci interviennent en premier lieu sur English, puis sur Percy, alors qu’il n’y a aucun véhicule sur Fitz.
Pope regagne son bureau en clamant qu’un homme ne peut pas disparaître, et ouvre la porte à toute volée. Heureusement, Michael a eu le temps de rejoindre la pièce, et apparaît derrière le Taj Mahal, en maintenant toujours le support, il demande quelle est la raison de toute cette agitation. Le garde souligne que s’il était accroupi derrière l’édifice, il ne pouvait l’apercevoir. Pope s’assure que Michael est bien resté dans son bureau depuis son départ, celui-ci confirme en rappelant qu’il attendait que la colle prenne. Le gardien et la secrétaire corroborent la version de Michael, ils ne l’ont pas vu quitter la pièce. Pope spécifie à Bellick, furieuxcontre le détenu car il a manqué l’appel, que quoiqu’il en soit, Michael n’est plus un problème. Sa requête n’étant pas conforme, elle a été rejetée, et par conséquent, son transfert est maintenu au lendemain. Michael emmené de force par les gardes, supplie une dernière fois le Directeur de lui accorder trois semaines de délai.

Veronica rentre à son domicile en compagnie de Nick, abasourdi par la disparition des preuves liées à l’affaire Burrows, et pense qu’il ne s’agit pas d’une coïncidence. La porte de l’appartement est entrouverte, Veronica s’aperçoit avec horreur que le domicile à été visité. Rien n’a changé de place, ni disparu. Elle se précipite vers sa commode et constate que la copie de la cassette de vidéo surveillance dissimulée sous une pile de linge, a disparu. Elle prend du recul vis à vis de Nick, méfiante et apeurée, car il était le seul au courant de la cachette.

Bellick somme Fernando de quitter la cellule, et Michael de ne pas bouger, car on va venir le chercher pour son transfert. Fernando est partagé par la tristesse et la déception. Michael rompt le silence en prononçant « Fitz ». Sous le regard interrogateur de son compagnon de cellule, il explique que si l’évasion avait abouti, ils auraient emprunté la rue Fitz qui était déserte. Fernando le presse de questions au sujet du temps que la police a mis pour arriver sur les lieux  et s’ils auraient pu réussir. Mais Michael reste silencieux, Fernando quitte la cellule désemparé. Michael récupère la vis à métaux, il la dissimule sous l’oreiller de Fernando, et dépose sur le dessus une grue en origami.
Il est escorté par Bellick à l’entrée du pénitencier, où l’attend un véhicule de transfert. Son départ se déroule sous les yeux impuissants de Sara ; Westmorland ; Abruzzi qui donne l’ordre à l’un de ses hommes de prévenir sa femme et ses enfants de quitter le pays au plus vite ; Fernando ; Lincoln ; et Pope qui paraît pensif. Ce dernier intervient au dernier moment en prétendant qu’il s’agit d’une erreur, le transfert ne peut avoir lieu, car Michael a déposé une requête stipulant une maladie des voies respiratoires. Il ordonne qu’on le raccompagne, mais en réduisant son temps de sortie car il a manqué l’appel la veille.

Derrière les enceintes de la prison, les agents Kellerman et Hale observent la scène. Pope remarque leur présence, et les soutient du regard en adoptant un air de défi.

A son retour chez lui, Pope s’installe auprès de sa femme Judith, sur la balancelle. Il lui fait part de son souhait de lui révéler l’existence de quelqu’un.

Kellerman contacte la mystérieuse femme dans le Montana, et lui annonce que le transfert n’a pu aboutir. Très ennuyée par cette nouvelle, elle désire passer à l’action, en ordonnant aux deux agents d’ôter à Lincoln la seule chose qui lui reste, le temps, et insiste sur le fait que la chaise électrique ne demeure pas l’unique alternative pour prendre la vie d’un homme en prison.